甲狀腺機能失調的治療方式，應視患者性別、年齡及病情程度，初發或復發、有無併發症做考量，通常治療甲狀腺機能亢進的方法有三種──藥物治療
服用一種能抑制甲狀腺荷爾蒙的抗甲狀劑。這是一般患者首先應採用的治療方法，在服用一至二年後，藥量可逐漸減量，約有50%的人在停藥後可痊癒。但有少數 人會產生皮膚發癢，或併發肝功能障礙和敗血症，這時就需換藥、加抗過敏藥或停藥。醫生建議患者若沒有藥物過敏，可放心服用。
手術切除
腫大的甲狀腺造成美觀問題，呼吸道阻塞問題以及懷疑為惡性變化,都是臨床上常見需要手術的適應症。 詳細解說之, 患者有時會甲狀腺腫大而造成食道或氣管受壓迫而吞嚥困難或呼吸壓抑。經X-光可以看到氣管被腫大的甲狀腺壓迫而移位。在這種狀況，外科治療是很有效的也是首選的。 另外,常見病人接受手術的原因有服用藥物不方便或藥物控制不好或過敏，希望早日回到工作崗位，或凸眼嚴重，或一些病人無法忍受朋友時常關心為何頸部有硬塊?
放射性碘治療
俗稱原子藥，食入後，利用其輻射線破壞甲狀腺細胞，使甲狀腺分泌減少，通常只需服一至三次，非常經濟、簡便，但患者通常有致癌之虞。醫學專家認為放射性碘治療是簡易、省錢、有效又無併發症的治療法，但孕婦及眼病變者不適宜。
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